内蒙古医科大学药学院1977年招收药学专业本科生；1981年获批药理学硕士学位授权点，1990年获批药物化学硕士学位授权点，2011年获批药学及中药学一级硕士学位授权点，2014年获批药学硕士专业学位授权点；2012年与天津中医药大学联合培养中药学（民族药学方向）博士研究生。药学院构建了成熟的本硕人才培养体系，初步搭建了博士研究生培养框架。

学院现有新药筛选工程研究中心、蒙药药效物质与质量控制工程技术研究中心、中蒙药传统方剂现代化研究教育厅重点实验共3个自治区级科研平台；药用植物资源开发与可持续利用、基于化学生物学的候选药物设计与筛选2个校级重点实验室。学院仪器测试中心具有高分辨质谱仪、核磁共振仪、超高效液相仪、高效液相仪等大型仪器设备30余台，价值2000余万元。

学院与国内外科研院所、制药企业有着广泛的合作与交流。与日本、美国等多所国外大学建立了合作关系。与天津天士力药业、上海宝龙药业、北京奥和药物研究院、内蒙古大唐药业有限公司和赤峰天奇药业等10余家区内外企业联合开展人才培养、药物研发等工作。

截至2021年，已培养本专科毕业生7011人、硕士毕业生351人，现有在校本专科生1315人、硕士研究生119人。