内蒙古自治区蒙药药效物质与质量控制工程技术研究中心是内蒙古医科大学的重点实验室之一，是主要从事蒙药的药效物质基础研究及质量控制研究的科研平台。工程技术研究中心以蒙药药效物质研究作为突破口，在蒙医药理论的指导下，采用现代技术将药效物质基础与药效评价紧密结合，旨在蒙药药效物质与质量控制等研究的基础上推动蒙药现代化进程，开发现代蒙药制剂，为传承和发扬蒙医药事业做出贡献。

工程研究中心拥有一支稳定的研究队伍，下设5个部门：中蒙药分析实验室、中蒙药提取实验室、中蒙药制备实验室、中蒙药制剂实验室、中蒙药分离实验室。

工程中心现有现有固定成员共42人，在负责人董玉教授的带领下，不断凝练研究方向、扩大研究队伍，其中高级职称20人、中级职称14人、初级职称1人，在读研究生7人。

工程研究中心致力于蒙药药效物质与质量控制研究，旨在建立蒙药现代化研究平台，组建高水平的蒙药研究队伍，培养专业的蒙药人才，提升蒙药研发能力和水平，对蒙药进行精准化、现代化研究，推动蒙药产业现代化和国际化。中心已承担国家自然科学基金、内蒙古自然科学基金、内蒙古科技计划等省部级以上项目37项，项目资金共1886万元。团队负责人董玉获内蒙古自治区科技进步一等奖1项、内蒙古自治区科技进步二等奖1项、内蒙古自然科学一等奖1项、内蒙古自然科学二等奖1项，内蒙古自治区高等教育成果一等奖1项，获得内蒙古自治区杰出人才奖、自治区中青年科学技术创新奖、内蒙古自治区有突出贡献中青年专家、内蒙古自治区第十二届“挑战杯”全区大学生课外学术科技作品特等奖、一等奖各一项，入选内蒙古自治区草原英才、511人才、自治区高等学校"青年科技英才支持计划"青年科技领军人才、连续三次获得内蒙古自治区新世纪321人才工程第一层次人选；团队获得内蒙古自治区“创新先锋号”称号、内蒙古自治区蒙药药效物质与质量控制青年创新创业创优标兵集体称号，入选内蒙古自治区草原英才4人，入选内蒙古自治区新世纪321人才3人，入选内蒙古自治区青年创新拔尖人才2人，入选内蒙古自治区511人才1人；团队已申报国家发明专利44项，团队成员以通讯作者和第一作者身份发表国内外论文三百余篇，主编蒙汉双语版《有机化合物波谱解析》教材和《波谱解析》规划教材各1部 ，参编多部国家规划教材。

工程研究中心不断开放运行，设立实验室开放基金，鼓励多学科协同发展，与区内外10余家企事业单位长期合作，并在产学研方面做出贡献，推进产学研用深度融合及成果转化，为药物的科技创新到产业创新做出贡献。与乌海市食品药品检验检测中心、内蒙古自治区药品监督管理局合作，共同提高药品的监管水平。参与中国药典、内蒙古自治区地方标准的起草和制订，扩大蒙药的影响力。制定蒙药材冬葵果质量标准连续3次载入2010版、2015版、2020版中华人民共和国药典。将制定的蒙药质量标准应用于内蒙古自治区国际蒙医医院，提升蒙药制剂的质量。通过提升森登-4、述达格-4、协日嘎-4、肉豆蔻-5等多个医院制剂的质量标准，提升医院制剂的质量，促进医药产业健康发展。